Cuối năm 2016, đài SBS quyết định chỉ giữ lại 4 thành viên là Yoo Jae-suk, Ji Suk-Jin, Lee Kwang-soo và Haha, và mời Kang Ho-dong để thực hiện Running mùa thứ hai.

Báo chí đã đưa tin Song Ji-hyo và Kim Jong-kook sẽ rút khỏi chương trình. Sau đó đại diện của 2 thành viên đã lên tiếng rằng họ không hề biết về vụ việc này. Song Ji-hyo chỉ biết mình bị yêu cầu rời chương trình khi tin tức đã lên mặt báo. Cách chia tay này làm Kim Jong-kook và Song Ji-hyo tổn thương cũng như 4 thành viên khác bối rối và khó xử. Sự việc đã gây nên làn sóng phẫn nộ từ người hâm mộ.

Đội ngũ chương trình cùng với 6 thành viên Running Man đã có một cuộc họp và đưa ra quyết định không thực hiện Running Man mùa 2 mà sẽ kết thúc chương trình với số tập là 340 với 6 thành viên.[2]

Người đứng đầu trụ sở chính của SBS - Nam Seung-yong, ông là người đã tạo ra "Running Man" vào năm 2010, đã gặp gỡ và có những buổi trò chuyện sâu sắc với các thành viên từ đầu năm cho đến tận thời gian gần đây. Thông qua những cuộc trò chuyện thân tình này, ông đã gửi lời xin lỗi đến các thành viên rất nhiều lần về sự cố đã xảy ra trong quá trình cải tổ show thực tế, và cả sáu thành viên đã đồng ý tiếp tục ở lại gắn bó với chương trình".[3]